解:(1)联立

,
解得

,
所以,点A的坐标为(4,4);
(2)令y=0,则-

x+6=0,
解得x=12,
∴点B的坐标为(12,0),
∴OB=12,
正方形PQMN的边MN恰好落在x轴上时,设正方形的边长为a,
∵PQ∥OB,
∴△APQ∽△AOB,
∴

=

=

,
解得a=3,
∵点P在直线y=x上,
∴△OPN是等腰直角三角形,
∴OP=

•PN=

a=3

,
∵点P运动的速度为每秒1个单位,
∴t=3

;
(3)①∵A(4,4),
∴OA=

=4

,
∴AP=OA-OP=4

-t,
∵PQ∥x轴,
∴△APQ∽△AOB,
∴

=

,
即

=

,
解得PQ=12-

t,
当0≤t<3

秒,MN在x轴的下方,重叠部分是矩形,
此时S=PQ•

OP=(12-

t)×

t=-

t
2+6

t,
当3

≤t≤4

秒时,MN不在x轴下方,重叠部分的正方形,
此时S=PQ
2=(12-

t)
2,
综上所述,S与t的关系式为S=

;
②t=2

秒时,S有最大值为12.
理由如下:当0≤t<3

秒时,S=-

t
2+6

t=-

(t-4

t+8)+12=-

(t-2

)
2+12,
所以,当t=2

秒时,S有最大值为12,
当3

≤t≤4

秒时,S=(12-

t)
2,
抛物线的对称轴为直线t=-4

,
又∵t≤4

时,S随t的增大而减小,
∴t=3

时,S有最大值为:(12-

×3

)
2=9,
∵12>9,
∴当t=2

秒时,S有最大值为12.
分析:(1)联立两直线解析式,解方程组即可得到交点A的坐标;
(2)先求出点B的坐标,从而得到OB的长,设正方形的边长为a,根据相似三角形对应高的比等于对应边的比列式求出正方形PQMN的边长,然后根据等腰直角三角形的性质求出OP,即可得解;
(3)①利用勾股定理求出OA,再根据相似三角形对应边成比例列式求出PQ,然后分MN在x轴下方与不在x轴下方两种情况,根据矩形的面积公式与正方形的面积公式列式整理即可得解;
②根据二次函数的最值问题对①中两个解析式分别求出最大值,比较即可得解.
点评:本题是一次函数综合题型,主要考查了联立两函数解析式求交点坐标,相似三角形的判定与性质,二次函数的最值问题,难点在于要分情况讨论.