解:(1)由题意,得
AP=6cm,BQ=12cm.
∵△ABC是等边三角形,
∴AB=BC=12cm,
∴BP=12-6=6cm.
(2)∵△ABC是等边三角形,
∴AB=BC=12cm,∠A=∠B=∠C=60°,
当∠PQB=90°时,
∴∠BPQ=30°,
∴BP=2BQ.
∵BP=12-x,BQ=2x,
∴12-x=2×2x,
∴x=

,
当∠QPB=90°时,
∴∠PQB=30°,
∴BQ=2PB,
∴2x=2(12-x),
x=6
答6秒 或

秒时,△BPQ是直角三角形;
(3)作QD⊥AB于D,

∴∠QDB=90°,
∴∠DQB=30°,
∴DB=

BQ=x,
在Rt△DBQ中,由勾股定理,得
DQ=

x,
∴

,
解得;x
1=10,x
2=2,
∵x=10时,2x>12,故舍去
∴x=2.
答:经过2秒△BPQ的面积等于

cm
2.
故答案为:6、12.
分析:(1)根据路程=速度×时间,求出BQ,AP的值就可以得出结论;
(2)先分别表示出BP,BQ的值,当∠BQP和∠BPQ分别为直角时,由等边三角形的性质就可以求出结论;
(3)作QD⊥AB于D,由勾股定理可以表示出DQ,然后根据面积公式建立方程求出其解即可.
点评:本题考查了动点问题的运用,等边三角形的性质的运用,30°的直角三角形的性质的运用,勾股定理的运用,三角形的面积公式的运用,解答时建立根据三角形的面积公式建立一元二次方程求解是关键.