解:(1)四边形EFGH是矩形.理由如下:
∵点E从点A,点F从点C同时出发,沿对角线以1厘米/秒的相同速度运动,
∴AE=CF.
∵EH⊥AC,FG⊥AC,
∴EH∥FG.
∵ABCD为正方形,
∴AD=DC,∠D=90°,∠GCF=∠HAE=45°,
又∵EH⊥AC,FG⊥AC,
∴∠CGF=∠AHE=45°,
∴∠GCF=∠CGF,∠HAE=∠AHE,
∴AE=EH,CF=FG,∴EH=FG,
∴四边形EFGH是平行四边形,
又∵EH⊥AC
∴平行四边形EFGH是矩形;

(2)∵正方形边长为

,∴AC=16.
∵AE=x,连接BD交AC于O,则BO⊥AC且BO=8,
∴S
2=

•AE•BO=4x.
∵CF=GF=AE=x,∴EF=16-2x,
∴S
1=EF•GF=x(16-2x).
当S
1=S
2时,x(16-2x)=4x,
解得x
1=0(舍去),x
2=6.
∴当x=6时,S
1=S
2;

(3)①当0≤x<8时,y=x(16-2x)+4x=-2x
2+20x.
②当8≤x≤16时,AE=x,CE=HE=16-x,EF=16-2(16-x)=2x-16.
∴S
1=(16-x)(2x-16).
∴y=(16-x)(2x-16)+4x=-2x
2+52x-256.
综上,可知y=

.
分析:(1)首先根据动点E、F的运动速度与运动时间均相同得出AE=CF,再由正方形的性质及已知EH⊥AC,FG⊥AC得出△CGF与△AHE都是等腰直角三角形,然后根据有一个角是直角的平行四边形是矩形得出结论;
(2)首先由勾股定理求出正方形ABCD的对角线长为16.再连接BD交AC于O,则BO=8.然后用含x的代数式分别表示S
1,S
2,当S
1=S
2时得出关于x的方程,解方程即可;
(3)因为当x=8时,点E与点F重合,此时S
1=0,y=S
2.故应分0≤x<8与8≤x≤16两种情况讨论.
点评:本题主要考查了正方形的性质,矩形的判定与性质,勾股定理等知识,综合性较强,难度中等.