分析：化学变化的实质是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，是分子与原子的本质区别；据此分析判断．
解答：解：化学变化的实质是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子不可分，是分子与原子的本质区别；
A、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，而不是分子、原子的大小．故选项错误；
B、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，而不是能否直接构成物质．故选项错误；
C、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，而不是分子、原子的运动速度的快慢．故选项错误；
D、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分．故选项正确．
故选D．
点评：本题难度不大，分子和原子的本质区别是分子在化学变化中的可分性，在化学变化中分子能够再分，而原子不能再分．
