分析:根据分子、原子都是构成物质的微粒及分子、原子的性质来分析解答.
解答:解:A、物质不都是由分子构成的,如铁是由原子直接构成的,故A错误;
B、因化学反应是原子重新结合的过程,则原子时化学变化中的最小微粒,故B正确;
C、同种原子构成的物质不一定是单质,如金刚石和石墨的混合物中只有一种原子,故B错误;
D、同种原子中的核电荷数一定相等,但不一定等于中子数,如13C中核电荷数为6,中子数为7,故D错误;
故选B.
点评:本题考查原子、分子的性质及物质的构成微粒,学生应注意利用常见的例子来判断选项的正误.