解:(1)∵点P为BC的三等分点,
∴BP=

BC=4,PC=

BC=2,
∵PE⊥AB,
∴在直角△BPE中,∠B=60°,
∴∠BPE=30°,
∴BE=

BP=2,
∴BE=CP,
又∵∠MPN=60°,
∴△EPF是等边三角形;
(2)△ABC的面积是:

×6×6×

=9

;
BP=x,则BE=

BP=

x.EP=

BE=

x,PC=6-x,PF=

PC=

(6-x).
则△BPE的面积是:

BE•EP=

×

•

x=

x
2,
△PCF的面积是:

PC•PF=

(6-x)•

(6-x)=

(6-x)
2.
∴四边形AEPF面积的y=9

-

x
2-

(6-x)
2;
即y=-

x
2+6

x-9

(3<x<6);
(3)∵在△BPE中,∠B=60°,
∴∠BEP+∠BPE=120°,
∵∠MPN=60°,
∴∠BPE+∠FPC=120°,
∴∠BEP=∠FPC,
又∵∠B=∠C,
∴△BPE∽△CFP,
∴

=

,
设BP=x,则CP=6-x.
∴

=

,
解得:x=2或4.
当x=2时,在三角形△BEP中,∠B=60°,BE=4,BP=2,
则PE=2

;
当x=4时,在三角形△BEP中,∠B=60°,BE=4,BP=4,
则△BEP是等边三角形,∴PE=4.
故PE=2

或4.
分析:(1)根据三等分点的定义,求得BP与PC的长,进而根据直角三角形中30度的锐角所对的直角边等于斜边的一半,即可求得BE的长,即可作出判断;
(2)分别表示出△ABC、△BPE、△PCF的面积,根据四边形AEPF的面积=△ABC的面积-△BPE的面积-△PCF的面积,即可求解;
(3)首先证明△BPE∽△CFP,根据相似三角形的对应边的比相等即可求得BP的长,进而即可求得PE的长.
点评:本题主要考查了相似三角形的判定与性质,正确根据相似三角形对应边的比相等求得BP的长是解题的关键.