解:(1)∵抛物线y=ax
2+bx+3(a≠0)经过A(-1,0),C(3,0)两点,
∴

,
解得

,
所以,抛物线的解析式为y=-x
2+2x+3;
(2)方法一:令x=0,则y=3,
∴点B的坐标为(0,3),
由题意得,点D的坐标为(0,t),
BD=3-t,
∵C(3,0),
∴直线BC的解析式为y=-x+3,
∵点E的坐标为(2t,0),
∴GF=-(2t)
2+4t+3-(-2t+3)=-4t
2+6t,
当BD=GF时,由于BD∥GF,四边形BDFG是平行四边形,
∴-4t
2+6t=3-t,
整理得,4t
2-7t+3=0,
解得t
1=1,t
2=

,
当t=1时,点D的坐标为(0,1),点F的坐标为(2,1),
点B的坐标为(0,3),
此时BD=BF,∠FDB=90°,
∴四边形BDFG是正方形;
当t=

时,点D的坐标为(0,

),点F的坐标为(

,

),∠FDB≠90°,
∴四边形BDFG不是正方形,
故,当t=1时,四边形BDFG是正方形;
方法二:令x=0,则y=3,
∴点B的坐标为(0,3),
由题意得,点D的坐标为(0,t),
BD=3-t,
∵C(3,0),
∴直线BC的解析式为y=-x+3,
∵点E的坐标为(2t,0),
∴点F的坐标为(2t,-2t+3),
若四边形BDFG是正方形,则DF⊥BD,DF=BF,
∴-2t+3=t,
解得t=1,

此时,点F的坐标为(2,1),点G的坐标为(2,3),
∴BD=FG=DF=BG=2,
∴四边形BDFG是正方形;
(3)∵B(0,3),C(3,0),
∴OB=OC,
∴△BOC是等腰直角三角形,
如图所示,①DF′在x轴上方时,0≤m<

,重叠部分矩形的宽=

m,
面积=2×

m=

m,
②DF在x轴下方,F′G′在y轴左边时,

≤m<2

,
重叠部分的面积=

×3×3-

×

×

-

×

×

,
=-

m
2+

m,
③DF′在x轴下方,F′G′在y轴右边时,2

≤m≤3

,重叠部分矩形的宽=

(3

-m),
面积=

(3

-m)×2=-

m+6,
综上所述,S=

.
分析:(1)利用待定系数法求二次函数解析式解答即可;
(2)方法一:令x=0求出点B的坐标,然后表示出点D的坐标,从而得到BD的长度,再求出直线BC的解析式,并求出点E的坐标,然后根据抛物线解析式与直线解析式求出GF,根据平行四边形对边平行且相等可得BD=GF,列出方程求出t的值,再进行验证即可得解;
方法二:令x=0求出点B的坐标,然后表示出点D的坐标,从而得到BD的长度,再求出直线BC的解析式,并求出点E的坐标,然后表示出点F的坐标,再根据正方形的邻边垂直且相等表示出DF,并根据BD=DF列出方程求出t值,再求出F、G的坐标,然后进行判定即可;
(3)分①DF′在x轴上方时,表示出重叠部分矩形的宽,然后根据矩形的面积公式列式计算即可得解;②DF在x轴下方,F′G′在y轴左边时,重叠部分等于△BOC的面积减去两个等腰直角三角形的面积,列式整理即可得解;③DF′在x轴下方,F′G′在y轴右边时,表示出重叠部分矩形的宽,再根据矩形的面积公式列式计算即可得解.
点评:本题是二次函数综合题型,主要利用了待定系数法求二次函数解析式,等腰直角三角形的性质,正方形的判定与性质,阴影部分面积的表示方法,难点在于(3)要根据移动的距离的变化以及阴影部分的不同表示方法分情况讨论.